Die EKD erinnerte an Schmudes Wirken während der Wiedervereinigung des Bundes der Evangelischen Kirchen in der DDR (BEK) und der EKD nach der Wende 1989. 1990 wurde er in Cottbus zum Präses des ersten gesamtdeutschen Kirchenparlaments gewählt. Kaum eine protestantische Persönlichkeit habe sich tiefer in die Geschichte der Bundesrepublik eingeschrieben, sagte die EKD-Ratsvorsitzende Kirsten Fehrs laut Mitteilung.
Die aktuelle Präses der EKD-Synode, Anna-Nicole Heinrich, fügte hinzu: „Die EKD hat Jürgen Schmude viel zu verdanken.“ Er habe mit Erfahrung und Klugheit, Geduld und Humor kontroverse Meinungen zusammengeführt. „Wir trauern mit den Angehörigen und engen Weggefährten“, sagte sie.
Der rheinische Präses Dr. Thorsten Latzel sagte, Schmude sei „ein kluger Mensch gewesen, der unsere Kirche stark gemacht hat“. Mit Weitsicht und Anstand, „den ich unserer Demokratie an vielen Stellen auch aktuell wünsche“, habe er sich für das Wohl der Gesellschaft und der evangelischen Kirche eingesetzt.
Schmude wurde am 9. Juni 1936 im ostpreußischen Insterburg geboren und flüchtete 1944 mit seiner Familie zunächst nach Pommern und dann nach Moers am Niederrhein. Von 1969 bis 1994 gehörte der Sozialdemokrat dem Bundestag an. Unter Bundeskanzler Schmidt war er zunächst Parlamentarischer Staatssekretär im Innenministerium, ab 1978 leitete er das Bildungs- und Wissenschaftsressort und ab 1981 bis zum Ende der sozial-liberalen Koalition 1982 das Justizministerium. Im September und Oktober 1982 war er zudem Innenminister.
Nach seinem Rückzug aus der aktiven Politik blieb Schmudes Rat zu gesellschaftspolitischen Themen gefragt. Unter anderem wurde er von 2008 bis 2012 in den Deutschen Ethikrat berufen.
Auch nach seinem Ausscheiden aus der EKD-Synode 2003 war Schmude ehrenamtlich in kirchlichen Gremien aktiv. Die Union Evangelischer Kirchen ehrte ihn 2009 mit dem Karl-Barth-Preis. Im selben Jahr verlieh ihm die Evangelisch-Theologische Fakultät der Universität Bonn die theologische Ehrendoktorwürde. Schmude war verheiratet und Vater zweier Kinder.